首先，关于软件侵权案件。我国同世界上大多数国家一样，主要是以著作权法来保护计算机软件的，所以根据著作权法律的原则，法律所保护的是作者思想的具体表达方式，而非思想本身。具体针对软件来说，法律所保护的是软件的表达方式，包括文档、源程序、目标程序、程序的外观与感受（界面）、程序的结构、顺序和组织以及程序的一个步骤、不能操作的步骤及未完成的程序等（当然还有存在争议的操作系统、操作系统的接口信息及微程序的保护等问题），而不是保护程序的算法、语言、公式和概念，更不是创作程序的思想，也不是创作者的一些技术诀窍、技术秘密或Know-How等。所以在诉讼时应该注意所要请求保护的对象，否则就很难得到充分的保护。
另外，根据著作权法律原则，法院在进行软件侵权判定时，一般是遵循“实质性相似加接触”原则。所谓“实质性相似”，是指被控侵权的软件在表达方式上与原告的软件存在实质性的相似，这是需要经过鉴定或对比才能得出结论的；“接触”，是指被控侵权软件的创作人有可能、有机会、有时间、有能力接触或曾经接触过原告的软件，并对其表达方式有一定的了解。如果不存在接触的可能，则根据著作权法律原创性的原理，即使两个软件存在实质性相似，也不能认定为抄袭或侵权。
法院在判断是否两个软件是否“实质性相似”时，所遵循则是“抽象－过滤－比较”三步判断法，即首先从软件中抽象出思想成份，其次过滤掉公有领域的内容，其后再将软件中真正属于创作的部分进行对比（这是一个比较复杂的程序）。所以当事人在诉讼中举证时，应当认真注意这些原则的具体运用。我们也注意到，有的案件原告在诉讼时，弄不清自己究竟是要保护什么以及怎么保护，被告则对明明不应当保护的内容发表大量意见，而对真正的问题则无甚言词，这样的结果都将是不能得到法院的支持。
其次，关于软件开发案件。对于软件的委托开发或合作开发，我国是以合同法进行调整和保护的，可以适用一般技术开发合同的法律规定；但由于软件所具有的著作权属性，所以也应当适用著作权法中关于委托作品的法律规定。对于合作开发的软件，其权利归合作方共有，对于委托开发的软件，如合同中无明确约定，则其著作权归开发方（受托方）享有。软件开发合同应当根据这两个法律规范的要求，根据所开发软件的性质，尽量把软件的著作权以及因著作权归属不同而引起的价款或酬金的变化约定完全，避免在日后对合同的条款发生争议，引起纠纷。
软件开发合同的履行，是这类案件中比较棘手的问题。这主要是因为合同当事人对履行问题都不够重视，对履行的细节，如技术资料和原始数据的交付、经费和报酬的支付及用途、软件的测试以及结果、软件的安装调试以及结果、委托人的意见及要求等等。这些事项的记录和签收往往关系到争议发生后双方当事人责任的分担问题。如果对这些具体的履行细节没有完整的记录，法院则只能根据法律规定的责任分配原则确定双方的责任，但这样确定往往又可能与客观情况有所不符，使当事人叫苦鸣冤，这也是法院不希望看到的。但造成这种结果的原因，还是在于当事人本身。所以，在合同的履行过程中，为了维护自己的合法权益，当事应当充分注意到各环节的记录、签收以及公证机关的作用。
再次，关于软件权属案件。我们在各类案件中都可以看到，一些软件开发公司，尤其是一些小公司的软件开发人员流动性很强，有的可能是临时拼凑。这些公司为了规避一些税费，往往与软件开发人员没有正规的劳动合同，使双方的劳动关系不能确定，能够确定劳动关系的证据也往往阙如，这样就很容易引起软件权属纠纷。因为根据著作权法作者享有著作权的基本原则，这些软件创作人员在与公司没有劳动关系的前提下，完全可以以创作者的身份要求享有著作权。
软件的著作权登记能够为软件著作权纠纷提供初步的证据，软件企业也比较重视。但企业也不要太迷信软件著作权登记，因为软件著作权登记只是一个形式上的要求，根据著作权法的原则，作者自作品创作完成起自动享有著作权，无须经过任何登记或注册。软件著作权的关键在于是谁创作了软件，是在何时完成了软件创作，而不是著作权登记。如果如前所述，创作者与公司的劳动关系不能确定，而创作者又有充分的证据证明软件是他创作的，则即使公司对这个软件进行过著作权登记也是无用的，法院还要对软件的著作权重新进行审查并最终确定著作权人。
当然，对于软件的保护，著作权法保护只是一个方面，还可以采用专利法保护、商标法保护、商业秘密法保护、特许经营法保护、反不正当竞争法保护（商业秘密法保护、特许经营法保护在我国目前没有专门法律，可以归入广义的反不正当竞争法）、合同法保护直至刑法保护等方式，形成一个广泛的、立体的、全方位的保护体系。但无论哪种保护方式，当事人对软件的保护意见和保护措施都是至关重要的。我国加入WTO后，软件业所面临的冲击将是前所未有的，这更需要我们既要不断创新开发软件，又要加强软件保护；只有强化保护，才能不断发展。法律是保护当事人合法权益的重要武器，所以软件产业界应当重视对法律的学习和应用，充分地保护自己，发展自己。
